教育部將在2月4日宣布發展國際一流頂尖大學5年新台幣5百億第2階段後3年補助的審查結果。而這次共有15所大學角逐經費大餅，其中只有長庚和元智大學是私立學校，元智大學校長彭宗平則說，如果努力辦學的私校也被淘汰，將會是台灣高教界的災難，而外傳可能落榜的政治大學、校長吳思華也特地拜會了教育部長杜正勝，說明政大執行前兩年的頂尖大學計畫內容，希望能夠翻轉劣勢。

教育部高教司長何卓飛表示，過年前，2月4日會公布5年新台幣5百億發展頂尖大學計畫的審議結果，不過原本審議委員提出兩個提案，根據了解現在教育部長杜正勝沒有做最後的圈選，而是再交給審議委員會討論，因此可能會打破這兩個提案，讓審議委員以簡答而非選擇的方式，表述意見。

至於第二階段的審議，除了外傳政大岌岌可危外，元智大學也被排榜單邊緣，元智大學校長彭宗平說，因為審查委員會組成人員都不一樣，因此要求、意見常會出現不連貫、相互矛盾的情況。他說：『而且每一個委員會的組成都不一樣，所以我們符合A的看法，到B委員可能就不是這麼看，所以我一直都覺得沒有一個連貫性，這是我們最不以為然的事情。』

彭宗平說，元智和長庚是第一階段中，是唯二的私立大學，台灣有7成的大學生都在私立大學，如果像很努力的大學最後也被排除，將是台灣高等教育界的災難。而為了挽回劣勢，政大校長吳思華還特地拜會教育部長杜正勝，兩人深談40分鐘，吳思華則是向杜正勝說明政大前兩年5年5百億的執行狀況，希望能在放榜前的最後一刻，保住政大頂尖大學的經費和校譽。